云海铜镍矿位于东天山康古尔-镜儿泉构造岩浆岩带西段,康古尔断裂北侧,赋存于同源岩浆演化的基性-超基性杂岩体中。基性-超基性岩地球化学特征表明,杂岩体是同一岩浆分异演化的产物,具有由拉斑玄武岩向钙碱性方向演化的特征。岩石富集大离子亲石元素(Rb, Ba, Sr)和高场强元素(U, Th),亏损高场强元素(Nb, Ta)的特征,表明杂岩体具有幔源特征和岛弧岩浆特征。通过同位素年代学和岩石地球化学的研究,表明岩体的形成是板片俯冲消减和地幔柱双重作用的产物。