柯村萤石矿床位于皖南—赣北萤石矿成矿区。矿体赋存于北东向的断裂构造中,断裂对萤石矿体控制作用明显,为热液成矿提供了运移通道和储集空间,断裂既是导矿构造,又是容矿构造。燕山晚期石英正长岩侵入体是本区重要的成矿岩浆岩。矿床成因类型为低温热液充填型萤石矿床。