莲花山矿区存在15个磷矿体,其中,工业矿体6个,低品位矿体6个,小规模矿体3个。工业矿体以大型为主,低品位矿体以中型为主。矿体形态呈褶曲、向型和单斜层状。工业矿体产于Ph_1和Ph_3中,低品位矿体主要产于Ph_3中,小规模矿体产于Ph_2中。Ph_3低品位矿体与工业矿体密切共生。Ph_1层位成矿好于Ph_3,F98断裂以北成矿好于以南。矿床为热水生物化学沉积成因。本区找矿层位主要为Ph_1,次为Ph_3。