巴仁扎拉格铀矿赋矿岩体为巴仁扎拉格碱性花岗岩,岩体上部蚀变强烈,依蚀变强度可分为强-中-弱三个蚀变带,强蚀变钠闪石花岗岩带是主要矿化赋存部位,分布在蚀变岩体的上部。蚀变类型主要为钠长石化及硅化,次为霓石化、泥化等。钠长石化、硅化作用较强烈,在平面上,岩石均匀蚀变,垂向上,向深部蚀变逐渐减弱。铀矿化主要分布在强蚀变钠闪石花岗岩带,严格受岩体蚀变强度控制。矿床的成因属岩浆晚期分异交代型原生矿床。