科克萨依金矿床位于新疆北部青河县境内,阿尔泰南缘东南部的布尔根韧性剪切带内。矿区出露下泥盆统托让格库都克组灰白色变质凝灰岩(含炭质薄层),为金矿脉的主要容矿岩石,围岩多发生强烈的变形变质作用,在强变形带普遍发育糜棱岩及糜棱岩化片岩。主要矿化类型为蚀变糜棱岩型及含金石英脉型2种,蚀变糜棱岩型最为发育,金矿化类型与韧性剪切带的构造变质蚀变作用密切相关。蚀变糜棱岩型矿化多见于含金石英脉金矿体两侧