扎格依库都克金矿床位于准噶尔盆地北东缘喀拉通克岛弧带。矿床产于下石炭统黑山头组一套火山-火山碎屑岩建造中,围岩以玄武岩和闪长岩为主,蚀变较为发育,热液作用明显。含矿地质体以石英脉为主。扎格依库都克金矿床矿石与蚀变围岩的成矿元素值整体较高,Au与Ag、Cu、Pb、As、S等成矿元素关系密切,富集Rb、Ba、Sr等大离子亲石元素和U、Th、Hf、Nd、Zr、Y等高场强元素,蚀变围岩与矿石具有相似的微量元素特征,暗示出矿石中的部分成矿元素可能来自于围岩。金矿石与围岩具有相似的稀土分配模式,均为轻稀土富集型。闪长岩金矿石稀土元素含量明显高于玄武岩金矿石和蚀变玄武岩,且轻稀土富集程度略高。金矿石具有弱Eu负异常,蚀变围岩无明显Eu异常。扎格依库都克金矿床早期阶段成矿温度230~270℃,中期成矿阶段180~210℃,成矿流体主要发育水溶液包裹体,盐度主要6~12%NaCL.eq,为低盐度流体;估算流体捕获压力8.93~13.52MPa,具有低压特征;成矿深度0.89~1.35km。扎格依库都克金矿床H、O同位素组成具有由岩浆水与大气水混合而成的特征,变化范围较大显示出成矿多阶段性的特征,早期成矿流体主要为岩浆水与大气降水的混合流体,中后期主要为大气降水。S同位素显示其具有地幔硫的特征,地质及地球化学特征显示其为浅成低温热液型金矿床,属于由岩浆热液与大气降水共同作用在构造断裂中沉淀形成的金矿。