在常规地球化学分析基础上,通过对烃源岩薄片和扫描电镜观察,发现中国南方海相低演化烃源岩和煤层中存在菌胶团化石,大小在数十纳米到数微米之间,形状为圆形、椭圆形以及扁圆形的细菌状化石。二叠系烃源岩中确认的细菌状化石主要为与石膏共生硫细菌形成,城口剖面寒武系地层中存在大量的纳米细菌状化石,多为杆状—短柱状;二叠系、志留系与寒武系高演化烃源岩扫描电镜下观察到大量可能的细菌状化石。研究认为:细菌状化石在烃源岩中普遍存在,与烃源岩具有共生关系,发现泥岩、硅质岩和含石膏煤系等若干地层中存在细菌状化石。其中泥岩层面上的细菌构成菌席;硅质岩中的细菌具有溶硅的习性;煤系地层中和石膏共生的细菌被解释为对形成石膏起重要作用的硫细菌。细菌状化石在地质历史时期对页岩气形成和储集具有重要的作用。