微生物碳酸盐岩含有前寒武纪有价值的化学、同位素和分子信息。它们记录了对深水海洋沉积的代表(例如条带状含铁建造和黑色页岩)有补充作用的浅水信息。以六组保存良好的叠层石作为实例,阐明了稀土元素(REE)是怎样被应用于化学调查研究的。第一项任务是要测试这种碳酸盐所保存的REE有没有沾染碎屑、火山和成岩物质。一旦证实了其清洁度,页岩标准化的REE模式就可以用于区分海相和湖相背景。就海相碳酸盐而言,可以区分局限海盆和开阔海背景,而对于厚层台地灰岩,可以根据REE分馏系列推断相对水深。这里研究的浅水叠层石的年龄在2.52到3.45Ga之间。它们所含对氧化还原很敏感的铈元素(cerium)的性状,并不具有到2.52Ga时这些浅海的游离氧含量达到超过微量气体水平的证据。与无机的早期成岩海相碳酸盐胶结物相比,微生物碳酸盐岩有高度富集的REE。虽然这一特征本身还不适合用作一种生物标志物,但可以认为它是一个样品符合生物标志物研究要求的一个必要前提。