酉阳红石林地处渝东南酉水河西岸,汇集岩溶地貌、沉积构造、节理裂隙、水体景观及古生物化石等地质遗迹景观。中奥陶世牯牛潭期沉积浅海相泥质碳酸盐建造,富含Fe2O3呈紫红色;印支运动地壳抬升成陆,燕山运动纵弯褶皱伴生破裂结构面;新构造运动隆升掀斜及表生拉张作用,导通地下水运移空间;难溶组分CaCO3遭受H2O+CO2持续作用,生成Ca(HCO3)2微溶于水被带走;缓倾斜岩层整体高于当地侵蚀基准面,均有利于红石林的形成和保存。旅游景区开发将会扰动固有的生态地质环境,科学有效地保护酉阳红石林地质遗迹成为新的研究课题。