山西省煤层气、煤炭两类矿业权勘查开发管理中存在的问题有:职能交叉严重,管理体制不顺;缺乏统一协调机制,实施综合勘查开采政策难度较大;缺乏统一的安全管理规范、标准和监管法规;利益分配机制不健全。深化煤层气与煤炭矿业权管理改革建议:1转变政府职能,明确各级政府在煤层气煤炭管理中的职责分工;2以山西省为试点,创建煤层气二级管理体制;3建立"一证多主矿种"统一设置制度,推行煤炭煤层气矿业权合一;4完善矿业权市场,建立煤层气公开竞争出让制度;5建立煤层气矿业权审批在国土资源部备案巡察考评制度;6尽快建立煤层气、煤炭勘查开发管理协调机制;7尽快制定统一的煤层气与煤炭开发利用法规标准和规范。