切列克其铁矿区在大地构造单元上,属于西昆仑褶皱带的西段,木斯山褶皱亚带,塔什库尔干窿起部分。矿区在古生代处在缓慢沉降时期,形成了浅海海盆。含大量的铁质陆源物质被搬运到海盆中,沉积了浅海相碎屑岩-碳酸盐岩系,并出现了海进海退交替的还原环境,沉积了菱铁矿,这是成矿的基本因素。