矿区大地构造位置位于哈萨克斯坦-准噶尔板块(Ⅰ级)准噶尔微板块(Ⅱ级)谢米斯台-库兰卡兹干古生代复合岛弧带(Ⅲ级)的东部,绿源北金矿是产于北东向次级断裂破碎带中,受次级断裂控制的低温热液蚀变型金矿。