矿区大地构造位置位于哈萨克斯坦—准噶尔板块(Ⅰ级构造单元)、准噶尔微板块(Ⅱ级构造单元)、三塘湖晚古生代弧间盆地(Ⅲ级构造单元),绿源金矿是产于北东向次级断裂破碎带中,受次级断裂控制的低温热液蚀变型金矿,金矿化程度与蚀变特征相关。