铜厂沟铜钼矿床属于西南三江成矿带中段的重要组成部分,处于云南格咱岛弧的南延部位,区域成矿地质条件良好。研究表明:铜厂沟铜钼矿的矿体有三类,包括脉状矿体、矽卡岩型矿体和斑岩型矿体;矿石品位随着矿体的埋藏深度具有分带性,浅部以铜钼矿为主,深部逐渐以钼矿为主,伴生铜矿;矿床的形成受构造条件、岩浆条件和围岩条件共同控制,其成矿与燕山期大规模的构造—岩浆活动密切相关。