黑山井金矿位于敦煌地块北缘的拾金坡-金场沟金、铜、铁和铅锌、银、稀有金属成矿带上,是由断裂构造控制的热液型金矿。上泥盆统火山碎屑岩是本区金成矿的地层条件。断裂构造及由其形成的蚀变破碎带控制着区内金矿体的形态、产状及延伸,是区内金的导矿和容矿构造。