新疆乌恰县吉根含锰岩系位于天山褶皱系、塔里木地台和西昆仑褶皱系三大构造单元交汇部位的天山褶皱系,南天山冒地槽褶皱带东阿赖—哈尔克早古生代沟弧系内,属东阿赖-哈尔克山(复合沟弧带)Au-Sb-Sn-RM-REE-Mn-Fe-红柱石-宝石矿带。目前,带内已发现博索果山、吉根-铁列克两条含锰岩系,岩系中锰矿属沉积型,层控特征较明显,矿层赋存于下泥盆统萨瓦亚尔顿组第二岩性段(D1s2)中,含矿岩石组合为硅质岩、含碳质页岩、板岩。矿区化探异常以Mn为主要成矿元素,伴生有Ni、Sb、Ag、Cu、Au、Mo等元素,以Ni、Ag、Cu为主要成矿指示元素。以已圈定的化探异常、锰矿点等为依据,在含锰岩系内优选出博索果山、吉根-铁列克两个锰矿找矿靶区。