锰矿受地层岩性控制,产于含锰地层海相硅质—碳酸盐岩中,含锰岩系为一套含炭质粉砂质页岩、炭质页岩、菱锰矿、白云岩、凝灰质粘土岩所组成;含锰矿层矿石主要由硬锰矿、软锰矿、偏锰酸矿组成。含锰岩系风化后常形成红土、黄棕土或黑褐土,含有像绿豆、黄豆般大小的浑圆状锰粒的红土,或含有锰矿碎屑的黑褐土,可作为寻找风化锰矿床的重要标志。含锰矿层围岩一般岩性较坚硬、分布稳定,锰矿多分布于向斜两翼的浅部,地下水面以上的氧化带内。淋积型锰多分布构造破碎带内,堆积型锰矿产于第四系红土层中;白云岩透镜体出现的地方,常伴随具有工业品位的锰矿体出现。许多热水成因的矿床附近都会有白云岩透镜体出现。