天水马厂坝金矿位于秦岭褶皱构造带北缘的中段,处于华北板块南缘的陆缘活动带上,次级构造处于党川-李子园复背斜(也称望天沟背斜)的西转折端。区域主要为天水李子园金多金属矿成矿集中区,属于秦岭金多金属成矿带。