自然资源资产有偿使用制度是生态文明制度体系的一项核心制度,该制度已经建立并在不断完善,但仍然存在着一定的问题。以铁矿资源有偿使用过程中涉及的税费管理为例,通过总结现行制度中涉及的税费情况,分析了税费管理中存在的问题及其对铁矿企业及行业的影响,并对完善铁矿资源有偿使用税费制度提出了对策建议。研究表明:现行矿业权出让收益计征不够合理,出让管理新老制度协调性不足,增值税税率偏高,资源税税率地区性差异较大;建议系统修改完善矿产资源有偿取得制度,各省加快出台矿业权出让收益市场基准价及实施办法,适当下调增值税税率,扩大增值税进项税额抵扣范围,制定全国统一的资源税税率或合理确定税率幅度上限,进行适当的资源税抵扣处理。