扎格依库都克金矿位于哈萨克斯坦-准噶尔板块北缘、额尔齐斯构造带南部。围岩蚀变硅化、黄铁矿化、褐铁矿化、绢云母化。矿区原生晕测量成果显示Au,As,Sb,Bi,W等元素与金矿化关系密切,矿床中的金可能是深部岩浆热液活动沿断裂上升,萃取围岩中的成矿物质形成的。赋矿岩石地球化学研究表明,大离子亲石元素K,Ba,Rb等富集,Nb,Ta,Ti等部分高场强元素亏损;轻稀土元素(LREE)相对重稀土元素(HREE)轻度富集,Nb/Ta值为19.63~26.00,显示岩浆可能源于下地壳或上地幔熔融,且有上地壳物质混入,是大陆岛弧至大陆边缘构造环境下的火山活动产物。