吉尔吉斯斯坦南天山金矿床成矿时间为石炭纪末(C3)至二叠纪(P),是天山后海西碰撞期的产物,具典型的热液型(石英脉型)和矽卡岩型金矿床特征。区内矿床受构造断裂控制,与晚古生代粗屑碰撞陆源岩和碳酸盐岩层中发育有大量花岗岩侵入体(C3-P1)密切相关。矿床受断裂构造破坏越发育,金矿富集的可能性大。