阿牙克库木湖一带地表和地下水均为含矿卤水,矿(化)体为卤水硼、溴盐矿体,地表卤水主要为阿牙克库木湖湖水,矿化度46.6~77.6 g/L,整体为低矿化卤水,地下卤水主要在阿牙克库木湖的周边的沉积盆地中,矿化度0.96~143.1 g/L,整体为低矿化卤水,东部库木库勒沙漠一带地下水主要为淡水-微咸水,矿化度在0.47~6.31 g/L,整体为微咸水。