长沟金矿位于大地构造位置上位于南秦岭-北大巴山造山带,韧性滑脱逆冲推覆构造带。长沟金矿床形成于志留系下统石泉-神河韧性滑脱逆冲推覆构造带梅子垭岩组地层中。长沟金矿体分布在韧性剪切带中,与韧性剪切带中的片理、断层及石英细脉有成因关系。