肖家沟金矿床赋矿层位属太古宙古老变质岩系,包含有太古界石棚子(岩)组,通石村(岩)组及太古宙变质深层岩。赋矿层位是金矿的矿源层,为金元素富集成矿提供金元素,多期次侵入体岩浆作用为金矿形成提供热源,不同性质的断裂构造作用对含金热液流动,迁移提供了通道及储存空间。该金矿床成因为岩浆热液成因,属岩浆期后中-低温热液矿床。