石咀子铜矿赋存于上石炭统石咀子组的中部层位互层带中,成矿受燕山早期及先期复活的北西向上鹿—六间房断裂(挤压带)与南北向挤压构造、北东向断裂构造之交汇部位(构造开阔带)控制,矿体在空间上与燕山早期浅成脉岩石英斑岩关系密切。铜矿是幔汁(即地幔流体)衍生的碱交代热液成因,燕山早期,碱交代热液伴随着石英斑岩等岩墙的贯入而沿岩墙上涌、交代、萃取途经岩石(尤其是深部矿源层中的矿质),于互层带中沉淀聚集成矿。互层带是铜等多金属矿质沉淀聚集的最佳物理化学区间,其赋存矿体与其是否提供矿质没有必然的联系。互层带赋矿的深部机制:互层带的背斜轴部(南北向挤压带)处于地幔软流体上凸部的上方,以致互层带是碱交代热液上涌的直达区域。