金庙井金矿赋存于敦煌岩群粉尘质和泥沙质沉积的一套中浅变质岩岩系中,矿床具有明显的构造控矿特征,主要受NWW—SEE向韧性剪切带控制,矿石品位较高,矿石类型主要有石英脉型金矿石和蚀变岩型金矿石。矿床同时与北侧的石炭纪花岗岩侵入形成的热源有关,为变质-热液型金矿床。同时指出,在该NWW—SEE向的韧性剪切带上为寻找同类矿床的有利地段。