科科布拉克铁矿床位于阿尔泰褶皱系的克兰褶皱带内的阿勒泰复向斜北东部。容矿地层为泥盆系中统阿勒泰组。科科布拉克铁矿床的赋矿围岩主要为区域变质作用产生的石榴子石化绿帘石化矽卡岩夹蚀变大理岩和黑云母角闪变粒岩及花岗岩,主要表现为夕卡岩化作用,出现了石榴子石、绿帘石、钙铁辉石、透闪石等夕卡岩矿物。