喀拉通克铜矿区铜镍硫化物矿床处于西伯利亚板块与哈萨克斯坦-准格尔板块的结合部位,构造上处于西域系、东准格尔构造带、河西系和区域东西向构造复合部位的萨尔布拉克-萨色克巴斯陶复向斜东段。经研究发现喀拉通克铜镍矿属钙碱性岩浆分异型基性杂岩体,铜镍矿体均受中基性岩体控制,属于岩浆熔离的硫化叠加型矿床。