水银洞金矿是滇黔桂"金三角"卡林型金矿的重要代表,金矿体赋存于二叠系龙潭组与茅口组不整合界面间,受背斜轴部断裂构造控制,走向上具波状起伏向东倾伏、空间上具多个矿体上下重叠的特点。该矿床属产于沉积碳酸盐岩和构造蚀变体中的"卡林型"金矿,为构造-热液成矿,同时具有中—低温超高压成矿特点。