北祁连山塞浦路斯型铜矿化总体可划分为东西两段,矿体多呈不规则柱状和透镜状产出,并具成层特点,围岩蚀变普遍发育。西段矿体顶部多发育有红色碧玉岩,而东段矿体则上覆有黑色磁铁矿层,显示了东西段成矿环境上的差异。成矿的主元素在围岩中明显亏损,表明围岩受热液淋滤作用,致使成矿元素在成矿热液中富集而成矿。