扎日根磁铁矿矿床位于三江成矿带沱沱河段。构造单元属于西金乌兰湖-金沙江缝合带,为可可西里-甘孜残留洋和羌塘陆块两大构造单元交汇处。矿区出露地层主要有上石炭统、早二叠统、上三叠统以及新近系。根据矿体空间展布规律分为东、中、西三个矿段;依据矿体围岩、矿区构造、岩浆岩等地质特征,综合分析扎日根磁铁矿矿床成因类型为海相次火山岩体内部构造裂隙控矿的后期热液充填的玢岩型铁矿床。