百草沟金矿位于著名的五凤—小西南岔浅成低温热液型金--多金属成矿带,该矿床容矿围岩主要为花岗闪长岩,矿体严格受NW向韧性剪切带控制。含矿石英中流体包裹体发育气液两相包裹体,主要成分为水,气液比15%~30%,大小为2~12μm。均一温度为154.3℃~345.2℃,盐度w(Na Cl)2.73~19.71 wt%Na Cl,密度0.63~1.00 g/cm3,表现出低温、中低盐度、中低密度、盐度变化范围大的特征。通过估算,成矿压力为14.70~47.16 MPa,成矿深度为1.47~5.46 km。百草沟金矿床δ13CCO2变化不是很大,介于-6.7‰~-4.6‰之间,显示有幔源的可能;硫化物中34S值为-1.9‰~1.9‰,说明成矿硫具有深源性。成矿早阶段流体为中低盐度的中温流体,主成矿阶段由于大气降水的混入,导致温度与盐度快速下降,逐渐演变为低温、低密度的盐水溶液。围岩蚀变以冰长石化、碳酸盐化等低温蚀变矿物为主。百草沟金矿属于低硫化型浅成低温热液型金矿床,形成于太平洋板块向欧亚板块俯冲后的伸展构造背景。