印尼西帝汶岛锰矿处于欧亚大陆板块与太平洋板块、印度洋—澳大利亚板块三大巨型板块结合部,锰矿体产出和分布严格受新近系和白垩系下统的含锰岩系控制,围岩以碎屑岩和泥岩为主,锰矿呈层状、似层状、透镜状,整合产出并与地层同步褶皱,矿石具块状构造和条带状构造,沉积特征明显。通过对矿石和围岩的稀土元素特征进行分析对比,认为西帝汶岛锰矿床为半深海—深海沉积型锰矿。