鸭鸡山钼铜矿床所处大地构造位置为蒙古—鄂霍次克造山带的温都尔庙—翁牛特旗褶皱带,该带是我国重要的有色金属成矿带之一。鸭鸡山钼铜矿床分布受控于区域EW向深断裂,矿体产于EW向主断裂F1上盘的二长花岗岩体中,严格受东西向F1断裂和北东向断裂控制。该矿床矿石自然类型为石英脉型和蚀变岩型,矿石中硫化物主要有黄铁矿、辉钼矿和黄铜矿。