扎格拉金矿位于班公湖一怒江结合带东段及冈底斯一念青唐古拉板片北缘的腾冲一班戈岩浆弧带上,受被动陆缘深海复理石建造、脆一韧性剪切带和深成岩浆活动控制。流体包裹体类型以单相和A型两相盐水溶液包裹体为主,次为B型两相盐水溶液包裹体、富CO₂两相包裹体和含CO₂三相包裹体,成矿流体属中低温和中低盐度H₂O-NaCl-CO₂体系。氢、氧同位素和相对富含K⁺、Na⁺、Ca²⁺、Mg²⁺、Cl^-、SO₄^2-的包裹体液相成分,显示成矿流体主要来自长期封存于沉积岩的深循环热(卤)水中,矿床成因类型为浅成中低温地下热(卤)水溶滤型金矿床。其成矿特征和流体性质与穆龙套型金矿床具有诸多相似性,研究该区域对西藏"沙丁板岩系"分布区金铜多金属找矿具有重要意义。