闽西南地区晚古生代的原生沉积锰矿床产于碳酸盐—硅质岩建造中。成矿物质来自于海底喷流活动。在中—新生代的表生风化成矿期,形成了与含锰层位相关的优质锰矿床。多期次的构造是次生氧化锰矿成矿的重要控矿构造。沿含锰碳酸盐岩发育的断裂发生了强烈的岩溶作用,形成了岩溶型锰矿。断裂—岩溶是次生氧化锰矿的主要赋存空间。由此建立了"矿源层—断层—岩溶"的找矿模式。