包古图金矿由石英脉型和蚀变岩型矿体组成,该矿的热液成矿期可以划分为4个阶段:粗粒石英脉阶段(Ⅰ)、含金细粒硫化物-石英脉阶段(Ⅱ)、含金粗粒自然砷-辉锑矿-石英脉阶段(Ⅲ)以及方解石脉阶段(Ⅳ),其中阶段Ⅱ和Ⅲ是主要的金矿化阶段,形成自然金赋存于毒砂、含砷黄铁矿中,银金矿被自然砷、辉锑矿包裹。阶段Ⅰ石英脉的稀土元素总量(0.83×10-6~3.67×10-6)明显低于阶段Ⅱ(11.01×10-6~30.18×10-6),轻重稀土元素分馏[(La/Yb)N=8.53~21.89]较阶段Ⅱ[(La/Yb)N=6.90~10.40]明显,但总体具有与区内中酸性侵入岩相似的稀土元素配分模式;阶段Ⅰ石英脉具有弱Eu正异常(δEu=1.09~1.80),阶段ⅡδEu主要集中于1.36~0.67之间;所有样品显示弱Ce负异常或无Ce异常(δCe=0.87~1.01)。矿化围岩和含矿石英脉中的黄铁矿均显示右倾型稀土元素配分模式,但石英脉中黄铁矿轻重稀土元素分馏更明显[(La/Yb)N=24.0~36.1],所有黄铁矿均具有明显Eu负异常(δEu=0.50~0.64)。不同阶段石英脉和黄铁矿中Ce、Eu异常表明成矿流体逐渐向较还原的状态演化。黄铁矿的Co/Ni比值(1.60~10.50)指示初始成矿流体为中温。包古图金矿含矿石英脉与区内广泛发育的中酸性斑岩体、岩脉在时间和空间上密切相关,具有相似的稀土元素配分模式,以上特征指示包古图金矿成矿作用与区内晚石炭世中酸性岩浆活动有关。