科克乃克含铜黄铁矿位于米什西沟-科克乃克沟一带,赋矿基岩主要为志留系阿哈布拉克组石英角斑岩。矿区含矿岩石中的金属矿物主要为黄铁矿、黄铜矿、褐铁矿,次为氧化铜,孔雀石。含矿岩石结构:细晶、变晶结构,构造:主要为致密块状构造、星散浸染状构造、星点状构造、浸染状构造和少数网脉状构造,氧化矿有似层状与土状构造,矿床类型为角斑岩型含铜黄铁矿型多金属矿床。找矿标志为受热液蚀变的石英角斑岩,以及在地表为氧化后的黄铁矿所形成的黄钾铁矾化。