哈密黄山南镍矿床位于塔里木板块前沿活动带,觉罗塔格石炭纪岛弧带东部,干墩大断裂南侧土墩——黄山——镜儿泉基性——超基性杂岩带内,处于黄山——镜儿泉铜镍金钼成矿带中。镍矿床赋存于韧性剪切带内的超基性岩脉中,具有较强的矿化蚀变,主要有绢云母化、绿泥石化、磁铁矿化、黄铁矿化、黄铜矿化等。通过对矿床地质特征研究,该镍矿床受黄山——镜儿泉深大断裂控制,随着华力西期构造运动的影响,位于深部的含矿超基性岩浆和矿浆上升侵位并于构造薄弱部位形成超基性岩浆熔离型矿床。