黄山南铜镍矿区位于塔里木板块(Ⅰ),塔里木板块前沿活动带(Ⅱ),觉罗塔格石炭纪岛弧带(Ⅲ)东部,干墩大断裂南侧。矿床主要产于超基性岩体底部接触带附近,矿体空间展布受超基性岩体底部接触带制约,并随其变化。含矿岩石主要为二辉橄榄岩,其次为二辉辉石岩。矿体形态主要为似层状,个别呈透镜状、脉状产出,内部有夹石,并有分支复合现象。矿床成因类型为与基性超基性岩有关的岩浆熔离-贯入式硫化镍矿床。