云南鹤庆锰矿床位于扬子地台西南缘,西近三江地槽,地处这两大构造单元的过渡地带。镜下观察,该矿床矿石矿物主要有硬锰矿、菱锰矿、水锰矿、黑锰矿,含有少量的软锰矿和恩苏塔矿。金属矿物在空间上存在明显的分带现象,主要表现在17线以西以硬锰矿和软锰矿为主,10~15线则以水锰矿和菱锰矿为主,而7~10线以黑锰矿和菱锰矿为主。灰岩样品的δ13C值变化范围为-3.0‰~2.9‰,平均值为0.6‰,其δ18O值变化范围为-9.9‰~-5.5‰,平均值为-7.7‰;而矿石样品的δ13C值变化范围为-46.3‰~-9.8‰,平均值为-24.2‰,其δ18O值变化范围为-16.5‰~-3.1‰,平均值为-8.6‰。综合研究认为鹤庆锰矿形成于浅海局限环境,介质性质由酸性向碱性、由还原性向氧化性转变的过渡带是矿物就位的主要空间,同位素研究认为可能有生物成因的甲烷参与成矿。