小夹皮沟硼矿位于著名的辽东裂谷硼成矿带内,产于阳沟、小夹皮沟倒转背斜核部里尔峪组一段蛇纹岩、蛇纹石化大理岩中,呈层状、似层状、透镜状产出。在赋存蛇纹岩的地方,背斜褶皱呈现为顶厚褶皱,剖面上核部蛇纹岩呈蝌蚪状,硼矿体也随着蛇纹岩的变化由厚大向深部渐趋尖灭。硼来源辽东裂谷海底火山热液沉积,随辽东裂谷的褶皱回返,形成了与裂谷轴向斜交的区域性北西向紧闭同斜褶皱和部分顶厚背斜褶皱,释放大量的变质热液,使原始含硼层中的硼再次活化富集,并在富镁的顶厚背斜中沉积成矿。