我们报告了白垩纪末期撞击事件对撞击地点现今深层微生物生物圈的影响。IODP-ICDP第364次科考在墨西哥奇克苏鲁伯陨石坑的环形山顶进行的钻探,使我们能够调查该结构内的微生物群落。在新生代最初几个小时内沉积的撞击表层沉积物中发现了细胞生物量的增加,这表明撞击产生了一个新的岩性层位,从而导致深层地下定殖潜力的长期改善。在生物贫乏的花岗岩中,我们观察到撞击诱发的地质界面处细胞丰度增加,这可归因于营养多样的基质和/或流体流动的升高。16S rRNA基因扩增子测序显示,在每个陨石坑岩性中都有分类不同的微生物群落。这些观察结果表明,撞击造成的地质变形在今天继续影响着奇克苏鲁伯深层地下生物圈。