真菌在地球上大多数生态系统的营养循环中均扮演着重要角色,然而它们在深部大陆地下的生态和功能仍然未知。在这里,我们报告了首次观察到的大陆深部生物圈中云母片岩上的活跃真菌定殖,以及深部地下真菌在前寒武纪基岩内500m和967 m深的地下水原位条件下附着到岩石表面的能力。本文以芬兰东部奥托昆普深井为试验场,介绍了一种原位地下生物膜捕集器,旨在揭示大陆深部地下水中岩石表面的固着微生物群落。在奥托昆普地下观察到的真菌门有担子菌门、子囊菌门和被孢霉门。此外,还有相当一部分群落代表未被归类的真菌。云母片岩表面的固着真菌群落不同于浮游真菌群落。细菌门主要为厚壁菌门、变形菌门和放线杆菌门。岩石表面生物膜的形成是一个缓慢的过程,我们的结果表明,当原始矿物表面暴露于深部地下生态系统时,真菌和细菌群落主导了早期的表面附着过程。各种真菌在统计上均表现出与硫代硫酸盐和硫酸盐还原菌存在显著的跨界相关性,例如,SRB2与汉森德巴酵母菌。